Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP54Q70EL1 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP54Q70EL1 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.93
USP54Q70EL1 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms