Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS53Q5VIR6 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS53Q5VIR6 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms