Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
HIF3AQ9Y2N7 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms