Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VPS54Q9P1Q0 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VPS54Q9P1Q0 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms