Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

Predictions only

Length 81 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NEDD8Q15843 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
NEDD8Q15843 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms