Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USH1CQ9Y6N9 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USH1CQ9Y6N9 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms