Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC87Q9NVE4 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms