Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
UPF3AQ9H1J1 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
UPF3AQ9H1J1 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms