Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP28Q96RU2 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP28Q96RU2 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 258.2 ms