Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS39Q96JC1 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS39Q96JC1 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.3 ms