Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.83■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.53
TCOF1Q13428 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC30.81■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC30.76■■■□□ 2.52
TCOF1Q13428 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC30.76■■■□□ 2.52
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