Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SMARCA1P28370 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SMARCA1P28370 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms