Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
COL6A1P12109 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
COL6A1P12109 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms