Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
HOXD4P09016 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms