Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP3Q9Y6I4 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USP3Q9Y6I4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms