Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HERPUD2Q9BSE4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
HERPUD2Q9BSE4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
HERPUD2Q9BSE4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
HERPUD2Q9BSE4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.1 ms