Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ENTPD8-201ENST00000344119 2111 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC112Q8NEF3 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC112Q8NEF3 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms