Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCB1Q12824 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCB1Q12824 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms