Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
HOXA4Q00056 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXA4Q00056 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms