Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXD3P31249 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms