Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF3Q9UKF6 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CPSF3Q9UKF6 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms