Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
SMARCAL1Q9NZC9 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00482-201ENST00000332012 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms