Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC3Q9BQI4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms