Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP28Q96RU2 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP28Q96RU2 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms