Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG3P49916 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIG3P49916 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG3P49916 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIG3P49916 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIG3P49916 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIG3P49916 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIG3P49916 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIG3P49916 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIG3P49916 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIG3P49916 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIG3P49916 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LIG3P49916 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms