Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIG1P18858 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIG1P18858 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIG1P18858 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG1P18858 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG1P18858 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG1P18858 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG1P18858 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIG1P18858 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIG1P18858 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIG1P18858 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms