Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL6A3P12111 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
COL6A3P12111 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms