Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.7■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL6A1P12109 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COL6A1P12109 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms