Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC35.76■■■■□ 3.32
CCDC88BA6NC98 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC35.76■■■■□ 3.32
CCDC88BA6NC98 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
CCDC88BA6NC98 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC35.76■■■■□ 3.32
CCDC88BA6NC98 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
CCDC88BA6NC98 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC35.76■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC35.72■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.31
CCDC88BA6NC98 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC35.67■■■■□ 3.3
CCDC88BA6NC98 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC35.67■■■■□ 3.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms