Protein–RNA interactions for Protein: Q96IU2

ZBED3, Zinc finger BED domain-containing protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZBED3Q96IU2 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC31.85■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.84■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC31.83■■■□□ 2.69
ZBED3Q96IU2 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC31.81■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ZBED3Q96IU2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC31.71■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
ZBED3Q96IU2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC31.67■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
ZBED3Q96IU2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.62■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZBED3Q96IU2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
ZBED3Q96IU2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
ZBED3Q96IU2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
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