Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC32.3■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC32.29■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
SCN9AQ15858 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC32.22■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC32.22■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SCN9AQ15858 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC32.19■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.19■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC32.15■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SCN9AQ15858 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC32.09■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SCN9AQ15858 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC32.01■■■□□ 2.72
SCN9AQ15858 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC31.99■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.99■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC31.98■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.95■■■□□ 2.71
SCN9AQ15858 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.92■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.91■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC31.91■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC31.9■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC31.89■■■□□ 2.7
SCN9AQ15858 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
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