Protein–RNA interactions for Protein: O60508

CDC40, Pre-mRNA-processing factor 17, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 579 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDC40O60508 DEF8-209ENST00000562986 468 ntTSL 414.52□□□□□ -0.096e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 RAD54L-212ENST00000493985 810 ntTSL 414.39□□□□□ -0.116e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-222ENST00000568096 543 ntTSL 514.37□□□□□ -0.116e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.126e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.126e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 DEF8-208ENST00000562578 573 ntTSL 414.15□□□□□ -0.146e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.156e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 BAIAP2-206ENST00000570913 559 ntTSL 414.02□□□□□ -0.176e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-221ENST00000575750 584 ntTSL 413.83□□□□□ -0.26e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.246e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-202ENST00000418391 852 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.256e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.266e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.286e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-226ENST00000569803 539 ntTSL 513.29□□□□□ -0.286e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC13.25□□□□□ -0.296e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 WDR77-201ENST00000235090 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.316e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.09□□□□□ -0.316e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-220ENST00000567884 572 ntTSL 513.03□□□□□ -0.326e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 MAD1L1-209ENST00000438959 839 ntTSL 312.78□□□□□ -0.366e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 SYNCRIP-201ENST00000355238 6449 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.6□□□□□ -0.396e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-214ENST00000573677 646 ntTSL 412.57□□□□□ -0.46e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-207ENST00000571530 581 ntTSL 412.53□□□□□ -0.46e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-218ENST00000567243 550 ntTSL 512.2□□□□□ -0.466e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-218ENST00000574804 631 ntTSL 312.17□□□□□ -0.466e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ZBTB7B-203ENST00000417934 4017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.11□□□□□ -0.476e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 AGPAT3-202ENST00000327505 3589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.09□□□□□ -0.476e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ADARB1-214ENST00000629643 4583 ntTSL 5 BASIC12.08□□□□□ -0.486e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 MGAT4B-210ENST00000519965 524 ntTSL 312.06□□□□□ -0.486e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-202ENST00000321300 2879 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.496e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 BAIAP2-215ENST00000573894 657 ntTSL 311.6□□□□□ -0.556e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 AL589666.1-201ENST00000503906 835 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.566e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 KLHL42-204ENST00000543254 772 ntTSL 211.55□□□□□ -0.566e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 AGPAT3-203ENST00000398058 4338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.17□□□□□ -0.626e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 AGPAT3-215ENST00000484865 588 ntTSL 211.09□□□□□ -0.636e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TRIM25-205ENST00000572021 1555 ntTSL 1 (best)10.9□□□□□ -0.666e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ARID1A-212ENST00000636219 7058 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.86□□□□□ -0.676e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ASS1-201ENST00000352480 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.84□□□□□ -0.676e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ASS1-206ENST00000443588 545 ntTSL 510.77□□□□□ -0.696e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-223ENST00000575958 567 ntTSL 410.69□□□□□ -0.76e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 DEF8-229ENST00000617948 3883 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.48□□□□□ -0.736e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-201ENST00000268676 3725 ntTSL 2 BASIC10.42□□□□□ -0.746e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DEF8-227ENST00000570182 3549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.27□□□□□ -0.776e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 PCSK6-203ENST00000557794 1196 ntTSL 510.23□□□□□ -0.776e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 BRD2-208ENST00000464592 1590 ntTSL 59.84□□□□□ -0.836e-6■■■■■ 29.1
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CDC40O60508 BAIAP2-213ENST00000573659 578 ntTSL 49.05□□□□□ -0.966e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 RAD54L-202ENST00000442598 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.03□□□□□ -0.966e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TTF1-203ENST00000612514 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.97□□□□□ -0.976e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TRIM25-204ENST00000570749 614 ntTSL 28.97□□□□□ -0.976e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 PCSK6-202ENST00000398185 3723 ntTSL 1 (best)8.72□□□□□ -1.016e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-212ENST00000573017 574 ntTSL 48.6□□□□□ -1.036e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 WDR77-202ENST00000449340 877 ntTSL 58.55□□□□□ -1.046e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TRIM25-203ENST00000570473 498 ntTSL 38.4□□□□□ -1.066e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ARID1A-209ENST00000615191 3804 ntTSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.086e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 RAD54L-201ENST00000371975 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.28□□□□□ -1.086e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BRD7-204ENST00000475877 671 ntTSL 38.18□□□□□ -1.16e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DDX46-207ENST00000507392 3565 ntTSL 27.83□□□□□ -1.166e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 NT5C2-201ENST00000343289 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.82□□□□□ -1.166e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BRD7-202ENST00000394689 2145 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.78□□□□□ -1.166e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 KLHL42-203ENST00000540301 793 ntTSL 37.74□□□□□ -1.176e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TTF1-201ENST00000334270 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.66□□□□□ -1.186e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CHD4-208ENST00000540960 892 ntTSL 57.58□□□□□ -1.26e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 RAD54L-209ENST00000487700 472 ntTSL 37.52□□□□□ -1.216e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 RAD54L-211ENST00000493032 627 ntTSL 37.46□□□□□ -1.226e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 KIF11-201ENST00000260731 4860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.25□□□□□ -1.256e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DDX46-201ENST00000354283 3821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.22□□□□□ -1.256e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 NT5C2-203ENST00000404739 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.326e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 WDR77-204ENST00000497278 722 ntTSL 36.72□□□□□ -1.336e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 ADARB1-209ENST00000464215 389 ntTSL 36.68□□□□□ -1.346e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 TTF1-202ENST00000461970 581 ntTSL 26.5□□□□□ -1.376e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 NT5C2-202ENST00000369857 2625 ntTSL 26.37□□□□□ -1.396e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BAIAP2-211ENST00000572918 626 ntTSL 46□□□□□ -1.456e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 BRD2-207ENST00000463639 946 ntTSL 25.46□□□□□ -1.546e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 SYNCRIP-204ENST00000616122 6764 ntTSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.586e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 DDX46-203ENST00000503946 4078 ntTSL 23.88□□□□□ -1.796e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 NT5C2-209ENST00000469228 495 ntTSL 33.56□□□□□ -1.846e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 NT5C2-204ENST00000421281 440 ntTSL 32.04□□□□□ -2.086e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CCDC57-207ENST00000419322 2829 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.62□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CCDC57-214ENST00000582040 330 ntTSL 313.41□□□□□ -0.262e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CCDC57-202ENST00000389641 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.18□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CCDC57-206ENST00000392347 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.18□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 CCDC57-205ENST00000392346 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.36□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 29.1
CDC40O60508 XXYLT1-210ENST00000491138 738 ntTSL 319.76■□□□□ 0.751e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.641e-6■■■■■ 28.8
CDC40O60508 XXYLT1-208ENST00000473200 698 ntTSL 219.02■□□□□ 0.641e-6■■■■■ 28.8
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