Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
NPHP3Q7Z494 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
NPHP3Q7Z494 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms