Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC068831.2-201ENST00000448987 367 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP54Q70EL1 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP54Q70EL1 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP54Q70EL1 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP54Q70EL1 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP54Q70EL1 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
USP54Q70EL1 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
USP54Q70EL1 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP54Q70EL1 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms