Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
BDNFP23560 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
BDNFP23560 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
BDNFP23560 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
BDNFP23560 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
BDNFP23560 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms