Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
VPS28Q9UK41 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms