Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS54Q9P1Q0 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms