Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN4AP35499 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms