Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL6A1P12109 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms