Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS54Q9P1Q0 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms