Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CHMP4AQ9BY43 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms