Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
VPS39Q96JC1 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VPS39Q96JC1 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms