Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP4Q13107 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP4Q13107 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP4Q13107 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
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