Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC3O75056 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
SDC3O75056 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
SDC3O75056 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
SDC3O75056 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
SDC3O75056 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
SDC3O75056 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
SDC3O75056 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
SDC3O75056 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms