Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
CHMP3Q9Y3E7 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CHMP3Q9Y3E7 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms