Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMA1Q9UHB6 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMA1Q9UHB6 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms