Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS54Q9P1Q0 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms