Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP28Q96RU2 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP28Q96RU2 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.5 ms