Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
USP54Q70EL1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP54Q70EL1 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms