Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CLN3Q13286 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
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